Pravidelnou kontrolu zoologické zahrady provádí Ministerstvo životního prostředí ve spolupráci s Českou inspekcí životního prostředí a Komisí pro zoologické zahrady nejméně jednou za 2 roky. Předmětem kontroly je zjišťování, zda jsou plněny podmínky zákona.
Živé exempláře CITES vybraných ohrožených druhů podléhají povinné registraci, kterou zajišťují krajské úřady. O registraci žádá vlastník nebo dlouhodobý držitel exempláře. Jako osvědčení o registraci exempláře je vydáván registrační list. Vlastníci či dlouhodobí držitelé exemplářů jsou povinni hlásit změny na exempláři, které jsou registrujícími úřady zaznamenány do registračního listu.