Správní aparát UNEP se skládá z Výkonného ředitele, zástupce Výkonného ředitele a jednotlivých divizí.
Výkonný ředitel
V čele Výkonného aparátu UNEP stojí Výkonný ředitel jmenovaný generálním tajemníkem OSN na čtyřleté období. Výkonný ředitel odpovídá za celkové řízení UNEP. Od února 2019 zastává funkci Výkonné ředitelky UNEP Inger Andersen. Tuto důležitou funkci vykonává ředitel ve spolupráci se svým zástupcem, který vedle odborné pomoci ve věcných otázkách pomáhá Výkonnému řediteli také při strategickém plánování a řízení chodu UNEP. Zástupce Výkonného ředitele je bezprostředně odpovědný za plnění plánu činnosti UNEP a za řízení sekcí a regionálních úřadoven UNEP. Zástupkyní Výkonné ředitelky byla v roce 2022 jmenována Elizabeth Maruma Mrema.
Divize UNEP
Úkolem divizí je podporovat a napomáhat řízení ochrany životního prostředí v zájmu prosazování zásad udržitelného rozvoje. Pro tyto účely bylo vytvořeno několik tematických divizí.