V České republice je nakládáni s geneticky modifikovanými organismy a genetickými produkty upraveno zákonem č. 78/2004 Sb., o nakládání s geneticky modifikovanými organismy a genetickými produkty, ve znění pozdějších předpisů, a vyhláškou č. 209/2004 Sb., o bližších podmínkách nakládání s geneticky modifikovanými organismy a genetickými produkty, ve znění pozdějších předpisů.
Mezinárodní mnohostrannou environmentální smlouvou zabývající se problematikou geneticky modifikovaných organismů je Cartagenský protokol o biologické bezpečnosti.