Ministerstvo životního prostředí se na základě §81 vodního zákona účastní v rámci plnění úkolů při ochraně před povodněmi odborné přípravy pracovníků povodňových orgánů. Ochrana před povodněmi je součástí pravidelného každoročního školení vodoprávních úřadů, které provádí MŽP společně s Ministerstvem zemědělství.
Podle § 79 a § 80 vodního zákona organizují povodňové orgány krajů a obcí s rozšířenou působností odborná školení a výcvik pro členy povodňových orgánů nižších stupňů. Cílem těchto odborných školení a výcviku může být například použití povodňových plánů připravenost povodňových orgánů při praktické realizaci povodňových opatření, procvičení varování a informování obyvatelstva při povodňovém ohrožení, procvičení systému předávání informací mezi jednotlivými povodňovými orgány a dalšími účastníky ochrany před povodněmi či vedení povodňové knihy.