Vypouštění odpadních vod do vod podzemních lze povolit jen výjimečně na základě vyjádření osoby s odbornou způsobilostí. Jedním z vlivů působících nepříznivě na stav podzemních vod, jsou komunální zdroje znečištění, resp. jejich nevyhovující nebo zcela chybějící infrastruktura v řídce osídlených oblastech, kde není technicky nebo s ohledem na zájmy chráněné jinými právními předpisy možné jejich vypouštění do vod povrchových nebo do kanalizace pro veřejnou potřebu.
Pokud již znečištění podzemních vod nastane, náprava stavu je dlouhodobou záležitostí a pozitivní výsledek není v mnoha případech jistý. Proto vypouštění odpadních vod do vod podzemních musí být v souladu s nařízením vlády č. 57/2016 Sb., o ukazatelích a hodnotách přípustného znečištění odpadních vod a náležitostech povolení k vypouštění odpadních vod do vod podzemních. Jedním z dalších opatření je metodický pokyn odboru ochrany vod Ministerstva životního prostředí k vypouštění odpadních vod do vod podzemních jako podpora při řešení požadavků § 38 vodního zákona a nařízení.