Celková délka státních hranic České republiky se sousedními státy je 2 290 km, z nichž více než 30 % (cca 738 km) je tvořeno vodními toky a vodními plochami a je označováno za tzv. mokrou hranici. Další vodní toky státní hranice křižují a přitékají či odtékají do sousedních států (tj. do Německa, Polska, Rakouska a Slovenska). Proto je vzájemná spolupráce České republiky se sousedními státy na těchto hraničních vodách mimořádně důležitá a je upravena dvoustrannými mezistátními či mezivládními smlouvami a dohodami. Jejich naplňování zajišťují dvoustranné komise pro vodohospodářské otázky na hraničních vodách.
Za hraniční vody jsou podle příslušných dvoustranných smluv a dohod pokládány vodní toky, jimiž probíhají státní hranice, povrchové i podzemní vody, které státní hranice protínají a vody se státními hranicemi sousedící, pokud případná opatření mohou nepříznivě ovlivnit vodní poměry na území druhého státu.
Z věcného hlediska je spolupráce na hraničních vodách zaměřena zejména na:
úpravy a údržbu hraničních vodních toků včetně výstavby a provozování objektů na těchto tocích, zásobování vodou a meliorace příhraničních území
zajištění oboustranného přístupu k vodě
ochranu hraničních vod před znečištěním (včetně příslušného monitoringu, společného sledování jakosti hraničních vod, výměny údajů a organizace varovné služby v případě mimořádných událostí)
hydrologii a hlásnou povodňovou službu (včetně monitoringu, společných měření, výměny údajů a organizace varovné služby v případě mimořádných událostí – povodní, ledových jevů a další)
implementaci Směrnice Evropského parlamentu a Rady 2000/60/ES ustavující rámec pro činnost Společenství v oblasti vodní politiky (Rámcová směrnice o vodách) pro přeshraniční útvary povrchových vod
ochranu vodních zdrojů pro zásobování vodou
správní řízení týkající se hraničních vod
spolupráci ve věcech správy státních hranic na hraničních vodních tocích