Moderní principy ochrany vod, založené na bázi hydrologických povodí velkých řek překračujících hranice více států, se v České republice začaly uplatňovat v roce 1990 zahájením spolupráce při ochraně Labe podle Dohody o Mezinárodní komisi pro ochranu Labe. O něco později byly zahájeny práce na přípravě Úmluvy o spolupráci pro ochranu a únosné využívání Dunaje a Dohody o Mezinárodní komisi pro ochranu Odry před znečištěním.
Spolupráce v ochraně vod v ucelených mezinárodních povodích je v souladu se strategií ochrany vod prosazovanou v České republice a založenou na principu komplexní ochrany povrchových a podzemních vod v ucelených hydrologických povodích nebo hydrogeologických rajonech.
Mnohostranná mezinárodní spolupráce je prostřednictvím Mezinárodních komisí pro ochranu Labe, Dunaje a Odry zaměřena zejména na:
umožnění užívání vody, a to především získávání pitné vody z břehové infiltrace a zemědělské využívání vody a sedimentů
usilování o dosažení vodního ekosystému, který bude co možná nejblíže přírodnímu stavu se zdravou četností druhů
snižování zatížení Labe, Odry a Dunaje škodlivými látkami
snižování zatížení Severního moře z povodí Labe, Černého moře z povodí Dunaje a Baltického moře z povodí Odry
protipovodňovou ochranu
koordinovanou implementaci Směrnice 2000/60/ES Evropského parlamentu a Rady ustavující rámec pro činnost Společenství v oblasti vodní politiky v mezinárodních oblastech povodí