Evropská unie prostřednictvím politiky soudržnosti (neboli kohezní politiky) usiluje o rovnoměrný hospodářský a společenský rozvoj všech svých členských států a jejich regionů. Cílem je zmírnění rozdílů v životní a ekonomické úrovni mezi chudšími a bohatšími zeměmi EU a zároveň zvýšení schopnosti Evropské unie jako celku čelit výzvám 21. století. Hlavním nástrojem realizace politiky soudržnosti jsou fondy EU, centrálním koordinátorem pro využívání těchto fondů v České republice je Ministerstvo pro místní rozvoj.
Odbor ochrany vod Ministerstva životního prostředí (OOV MŽP) zajišťuje mezinárodní spolupráci v ochraně vod a je zodpovědný za implementaci směrnic v oblasti vod (Rámcové směrnice 2000/60/ES, povodňové směrnice 2007/60/ES a dalších). Vzhledem k finanční náročnosti prací spojených s úspěšnou implementací evropských směrnic se snaží OOV MŽP maximálně využívat nabízených finančních možností EU.
Rozvíjení spolupráce s okolními státy v rámci podpory úspěšné implementace povodňové směrnice a harmonizace (sjednocení) přístupů ochrany a prevence před povodněmi v rámci mezinárodních povodí zůstává v současné době jednou z hlavních náplní činnosti Odboru ochrany vod Ministerstva životního prostředí.
MŽP se rovněž aktivně účastní společných projektů v rámci mezinárodních povodí. V povodí Dunaje bylo MŽP asociovaným strategickým partnerem výzkumného projektu Danube Hazard m3c podpořeného programem EU Interreg Danube. Projekt řešil znečištění vody nebezpečnými látkami. MŽP je rovněž zapojeno v navazujícím projektu Tethys.