Ve snaze zabránit dalšímu znečišťování Labe a jeho přítoků, zlepšovat jejich stav a průběžně snižovat zatížení Severního moře, byla dne 8. října 1990 v Magdeburku podepsána Dohoda o Mezinárodní komisi pro ochranu Labe, která vstoupila v platnost dne 13. srpna 1993. Touto dohodou byly smluvní strany v době podpisu, tedy Česká republika, Spolková republika Německo a Evropská společenství, zavázány ke spolupráci v oblasti ochrany vod Labe a jeho povodí prostřednictvím Mezinárodní komise pro ochranu Labe (MKOL). Od data vstupu České republiky do Evropské unie dne 1. května 2004 přestalo být Evropské společenství smluvní stranou Dohody. Tímto krokem se Evropská unie dostala do role pozorovatele, stejně jako Polská republika, Rakouská republika, Mezinárodní komise pro ochranu Rýna, Odry a Dunaje a nevládní organizace. Struktura komise je k dispozici zde.
Základními cíli spolupráce je:
umožnit užívání vody k získávání pitné vody z břehové infiltrace
zemědělské využívání vody a sedimentů
dosažení stavu vodních ekosystémů co možná nejbližšího přírodnímu, se zdravou četností druhů
trvale snižovat zatížení Severního moře z povodí Labe
protipovodňová ochrana (po katastrofálních povodních v roce 1997)
MKOL se již od roku 1988 spolupodílí na přípravě a uskutečňování Magdeburského semináře o ochraně vod, který představuje nejvýznamnější mezinárodní odbornou a vědeckou akci v oblasti ochrany vod v povodí Labe. K zapojení veřejnosti do implementačního procesu Rámcové směrnice v povodí Labe bylo v gesci MKOL ustaveno Mezinárodní labské fórum. Jeho účelem je informování a konzultace mezinárodních otázek s veřejností. První Mezinárodní labské fórum se uskutečnilo v roce 2007 v Ústí nad Labem.
Moderní principy ochrany vod, založené na bázi hydrologických povodí velkých řek překračujících hranice více států, se v České republice začaly uplatňovat v roce 1990 zahájením spolupráce při ochraně Labe podle Dohody o Mezinárodní komisi pro ochranu...