Na Červeném seznamu najdeme 495 vyhynulých nebo regionálně vymizelých druhů (EX, EW, RE), 284 kriticky ohrožených (CR), 412 ohrožených (EN), 212 v kategorii zranitelný (VU). Míra ohrožení je však významně ovlivněna poznáním, které je např. u houbových organismů dosud malé. Příčin ohrožení rostlin je velké množství, přednostně jmenujme zánik jejich biotopů, nešetrné hospodaření v krajině, klimatická změna, vliv invazních nepůvodních druhů, v řadě míst ale také overturimus nebo přímé poškozování atraktivních rostlin. U hub a lišejníků je většina ohrožujících faktorů vázána na výrazné změny jejich prostředí, např. odvodnění, odlesnění nebo znečištění ovzduší.