Cílem projektů, zaměřených na ochranu zvláště chráněných druhů, které MŽP připravuje nebo se v nich zapojuje v roli partnera, je často podpora populací ohrožených druhů, zajištění vhodné péče o biotopy druhů, zajištění spolupráce a dobré komunikace všech zainteresovaných subjektů na národní i evropské úrovni. Finanční prostředky čerpáme zejména z programů LIFE nebo Interreg.
V současné době probíhají 2 mezinárodní projekty na podporu ochrany zvláště chráněných druhů.
Cílem projektu je rozvoj aktivních nástrojů druhové ochrany a komplexní realizace schválené Koncepce aktivních nástrojů druhové ochrany v České republice 2023–2032, ale také příprava a koordinace Strategie ochrany biologické rozmanitosti 2025–2050 nebo Strategie ochrany opylovačů v ČR. Součástí je systematická a cílená osvěta aktivní druhové ochrany směrem k veřejnosti a stakeholderům a odborná a metodická podpora orgánů ochrany přírody pro efektivnější druhovou ochranu.
Cílem projektu je vytvoření komplexního a udržitelného systému monitorování velkých šelem (rys, vlk, medvěd), nalezení společného řešení problematiky pytláctví a konfliktů mezi lidmi a šelmami v Karpatech. Vzniknou tři doporučení pro monitoring, snížení pytláctví a prevenci konfliktů lidí a šelem v karpatském regionu a návrh na doplnění Mezinárodního akčního plánu na ochranu velkých šelem a zajištění ekologické konektivity v Karpatech.